关节损伤
原地跑步虽然不需要大面积的移动，但长时间在同一位置进行高强度的运动，容易导致膝关节和踝关节的过度使用。这种重复性的动作会加剧关节的磨损，尤其是对于那些已经有关节问题的人，可能会引发关节炎或其他慢性疼痛。此外，由于缺乏足够的缓冲，地面反作用力直接作用于关节，增加了受伤的风险。
肌肉失衡
原地跑步主要依赖下肢的力量，尤其是大腿和臀部的肌肉群。长期进行这种单一的运动模式会导致肌肉发展不平衡，某些肌肉群过度发达而其他肌肉群相对较弱。这种不平衡不仅影响身体的整体协调性，还可能导致姿势问题和慢性疼痛。特别是对于腰部和背部肌肉的忽视，可能会引发下背痛等问题。
心血管负担
虽然原地跑步可以提高心率，但它并不像户外跑步那样提供多变的环境和地形挑战。这种单一的运动方式可能导致心血管系统的适应性降低，因为身体没有机会应对不同的运动强度和变化。此外，原地跑步时的心血管负荷可能不均匀，某些部位的血液循环可能受到影响，增加心脏负担。
心理疲劳
原地跑步通常在一个封闭的环境中进行，缺乏户外运动的自然景观和新鲜空气。这种单调的环境容易导致心理疲劳和厌倦感，影响运动的持续性和效果。长期在这种环境下运动，可能会降低运动的乐趣和动力，甚至引发焦虑和抑郁等心理问题。
呼吸系统影响
原地跑步时，由于空间有限且空气流通不畅，容易导致呼吸系统的不适。尤其是在密闭的空间中进行高强度的运动，空气中的氧气含量可能不足，二氧化碳浓度升高，影响呼吸效率和肺部功能。长期在这种环境下运动，可能会对呼吸系统造成负面影响。
代谢效率低下
原地跑步的单一动作模式可能导致代谢效率低下。身体在适应了这种固定的运动方式后，消耗的热量会逐渐减少，从而降低减肥或增肌的效果。此外，由于缺乏多样化的运动刺激，身体的代谢反应可能变得迟钝，影响整体的健康状况。