初始投资成本高
屋顶光伏发电系统虽然具有环保和长期经济效益的优势，但其初始投资成本却是不可忽视的弊端。安装一套完整的光伏发电系统需要购买光伏板、逆变器、支架、电缆等设备，这些设备的价格相对较高。此外，安装过程中还需要专业的技术人员进行设计和施工，这也会增加额外的费用。对于普通家庭或小型企业来说，一次性支付如此高的费用可能会造成较大的经济压力。因此，尽管光伏发电具有长期的经济回报，但高昂的初始投资成本仍然是许多人望而却步的主要原因。
依赖天气条件
屋顶光伏发电系统的效率和发电量在很大程度上依赖于天气条件，这也是其主要弊端之一。光伏发电依赖于太阳光的照射，因此在阴天、雨天或冬季日照时间较短的情况下，发电量会显著下降。此外，极端天气如暴风雪、冰雹等也会对光伏板造成损害，影响其正常工作。这种对天气的高度依赖性使得光伏发电的稳定性较差，无法像传统能源那样提供持续稳定的电力供应。因此，用户在使用光伏发电时需要考虑天气因素对其电力供应的影响。
维护和保养成本
屋顶光伏发电系统的维护和保养成本也是其不可忽视的弊端之一。虽然光伏板本身的设计寿命较长，但在实际使用过程中仍然需要定期进行清洁和维护，以确保其高效运行。灰尘、鸟粪等污染物会降低光伏板的发电效率，因此需要定期清洁。此外，逆变器等电子设备的寿命相对较短，通常需要每隔几年更换一次，这也增加了维护成本。对于一些偏远地区或难以到达的屋顶系统来说，维护工作更加困难且成本更高。因此，尽管光伏发电具有环保和经济效益的优势，但其维护和保养成本仍然是一个需要考虑的问题。